매달 배란이 정상적으로 되지 않거나, 자연임신이 힘들어 인공수정이나 시험관아기를 고려하는 여성들에게 있어 배란유도제 복용은 기본 코스에 해당된다. 따라서 불임클리닉을 찾는 여성들은 배란유도제의 종류나 사용법, 부작용에 대한 질문이 늘 끊이지 않는다.

국내 산부인과에서 가장 많이 처방하고 있는 '클로미펜'은 가격이 싸고 90% 정도의 여성에서 배란이 잘 유도된다는 장점이 있다. 일반적으로는 생리 2~5일째부터 1~3정씩 5일간 먹는 방법으로 처방을 하는데, 사람마다 배란 반응이 달라서 1~2정으로 시작해 환자의 반응을 보면서 복용량을 조절하기도 한다. 미국 FDA에서는 6회까지 사용을 허가했으며, 전세계 산부인과 학회에서는 12회까지도 안전하다고 보고되고 있다. 하지만 클로미펜은 자궁내막이 얇아지거나 자궁경관 점액이 마르는 경우가 간혹 있어서, 이런 경우에는 과배란 주사제나 여성호르몬을 병용하거나 페마라로 약을 바꿔야 하는 경우도 생길 수 있다. 

일부 연구 결과에서는 클로미펜을 장기간 사용한 경우(12주기 이상)에 난소암이 증가하는 것에 대한 보고가 있다. 그러나 어떠한 연구 결과도 명확한 상관 관계를 보여주고 있지는 않으며, 난소암의 증가 경향이 배란유도제로 인한 것인지, 아니면 난임이라는 질환 자체 때문인지는 불분명하다. 하지만 이러한 점을 고려하여 클로미펜을 이용한 배란유도시에는 12주기 이내로 사용할 것을 권고하고 있으며, 사용 전 이에 대한 충분한 검사가 이뤄진 후 처방할 필요가 있다.

클로미펜 다음으로 많이 사용되고 있는 '페마라'는 유방암 치료제로 널리 알려져 있는 약이다.  페마라는 클로미펜과 달리 반감기(복용 후 약물의 양이 체내에서 절반으로 줄어드는데 필요한 시간)가 짧고, 자궁내막을 얇게 하거나 자궁경관 점액을 마르게 하는 부작용이 없다. 페마라도 클로미펜과 같은 방법으로 1~2정을 생리 2~5일째부터 5일간 복용한다. 클로미펜의 부작용을 경험한 환자들 중에서 처음부터 페마라를 처방해주지 그랬냐는 질문을 받곤 하는데, 의사가 약물을 선택할 때는 중요한 기본 원칙들이 몇가지 있다. 효과에 별 차이가 없다면 가격이 싸고 투약이 간편하면서 부작용이 적은 약을 선택한다는 원칙이다. 페마라가 좋은 점도 있지만 아직 불임치료제로는 off-label이라 가격이 비싸다는 것이 단점이다.

배란유도제를 처방받는 환자들이 가장 많이 우려하는 점은 과배란으로 인해 조기폐경이 되지 않을까 하는 것이다. 과배란은 정상 생리 주기에서는 퇴화될 난자들을 성숙시킴으로써 여러 개의 난자가 배란되도록 하는 것이기 때문에 난자를 빨리 소진하여 폐경이 빨리 오거나 난소 기능을 저하시키지 않는다. 다만 임신이 잘 안 되는 사람은 다른 사람보다 난소기능이 저하되어 있을 가능성이 크므로 이로 인해 폐경이 빨리 올 수 있는 위험이 높을 수 있다.