크론병 환자와 장누수증후군 환자는 장내 벽을 덮고 있는 장막이 건강하지 않다. 느슨하거나 틈이 있어 이 사이로 균이 침투해 혈관 등 다른 기관으로 이동할 수 있다. 이는 패혈증 등 감염병을 유발할 수 있다. 항암치료나 면역억제제 복용 등으로 면역력이 떨어져 있는 사람도 유산균을 섭취하면 균혈증, 패혈증 등 세균 감염으로 인한 질환이 나타날 수 있다. 유산균도 균이기 때문에, 면역력이 떨어진 사람에게는 몸속 유산균이 과도해지면 일반 세균처럼 작용해 감염을 일으킬 수 있어 주의해야 한다.