아이라인 문신의 가장 대표적 부작용은 '건성안'이다. 시술 시 윗눈꺼풀의 속눈썹 부분을 따라 바늘로 색소를 찔러 넣는데 이때 바늘과 색소가 속눈썹 바로 밑 라인에 분포하는 20~35개 정도의 지방샘(마이봄샘)을 손상킨다. 요즘은 지방샘 자체에 색소를 넣는 법도 많이 사용되는데 매우 위험한 방법이라는 게 전문가들의 설명이다. 지방샘이 망가지면 눈물이 증발되지 않도록 덮어주는 지방 물질이 나오지 못한다. 따라서 눈물이 계속 공기중으로 증발돼 안구가 건조해지는 건성안이 발생한다.
건성안이 발생하면 라식 수술을 받을 때도 위험할 수 있다. 일본 게이오대학 코지마 교수가 발표한 논문에 따르면 아이라인 문신 시술을 받은 후 라식수술을 받은 환자에게서 건성안으로 인한 각막염이 발생하고, 추후 각막 혼탁이 동반된 경우가 있다. 지속적인 치료에도 불구하고 상태가 나아지지 않았는데 의사들은 그 원인이 문신에 의한 지방샘 파괴라고 추정했다.
문신에 사용되는 색소 또한 공인받은 것이 없다. 따라서 색소의 독성에 의한 감염 우려도 크다. 사용하는 시술 도구(침 등)도 완전히 소독되지 않은 상태라면 염증을 불러일으킬 수 있다. 시술 과정에서 눈꺼풀 테두리가 불규칙해지는 증상도 눈 건강을 해친다. 보라매병원 안과 한영근 교수는 "현미경을 사용해 시술해도 지방샘을 손상시키지 않는 것은 불가능하기 때문에 눈에 불규칙적인 상처를 내게 되는데, 이는 눈꺼풀 테두리를 울퉁불퉁하게 만들어 눈을 감을 때 반복적으로 마찰되는 부분을 자극시켜 염증을 유발한다"고 말했다.
한편, 아이라인 문신을 지우는 것은 시술 시 눈에 입혔던 손상을 다시 한 번 가하는 것이기 때문에 더욱 해롭다. 결국, 애초부터 시술을 받지 않는 것이 최선이다. 한영근 교수는 "아이라인 문신은 인체에 백해무익한 시술"이고 "정상적인 안과에서는 시술을 하지도 않는다"며 사람들이 아이라인 문신 시술을 받지 않을 것을 권장했다.