먼저 청소가 제대로 되지 않은 에어컨을 사용하면 퀴퀴한 냄새가 올라온다. 곰팡이가 대사하면서 발생시키는 유기효소가 원인이다. 즉 곰팡이가 호흡하고 내뿜는 기체 형태의 찌꺼기로 볼 수 있는 것이다. 에어컨을 틀었을 때 곰팡내가 나는 이유는 에어컨 내부에 곰팡이가 번식해서다. 에어컨 내부는 습기 차고 어둡기 때문에 곰팡이가 증식하기에 최적의 환경이다. 다만 곰팡이가 있다고 해서 늘 냄새가 나는 것은 아니다. 곰팡이가 소량 증식할 때는 기체 형태의 대사 찌꺼기가 나와도 양이 적어서 냄새가 안 나는 것처럼 느껴지기도 한다. 곰팡이가 갑자기 폭발적으로 증식할 때는 대사 찌꺼기도 많아져 냄새가 느껴진다.
레지오넬라균에 감염될 위험도 있다. 레지오넬라균은 토양에 널리 분포하는 세균이다. 물만 있으면 어디에든 존재할 수 있는 레지오넬라균은 오염된 물속에 있다가 작은 물방울 형태로 공기 중에 퍼져 사람 몸에 들어간다. 레지오넬라증은 크게 독감형과 폐렴형으로 나뉜다. 독감형은 발열, 오한, 마른기침, 콧물 등 비교적 가벼운 증상만 나타나다가 2~5일 정도 후 자연스럽게 낫는다. 반면, 폐렴형은 더 심한 독감형 증상과 함께 근육통, 의식장애 등이 나타난다.
에어컨 내부에 번식한 균을 제거하려면 필터는 반드시 세척해야 한다. 에어컨을 열어 필터를 분리해준다. 칫솔이나 얇은 천에 전용 세제를 묻혀 닦은 후 깨끗한 물로 헹궈 건조한다. 전용 세제가 없다면 과산화소다를 물에 3대 7 비율로 희석해 사용해도 된다. 물에 희석한 식초 액을 뿌린 걸레로 다시 한 번 닦아준다. 세척한 필터는 반드시 그늘에서 충분히 말려야 한다. 햇볕에 말리면 변형될 위험이 있기 때문이다. 세척한 필터를 끼우고 에어컨을 처음 사용할 때는 5분간 창문을 열어 환기를 시킨다. 에어컨은 작동 직후 3분 동안 곰팡이가 가장 많이 배출되기 때문이다.
실내기 외에도 실외기도 신경 써야 한다. 실외기 역시 1년에 한 번은 청소해주는 게 좋다. 실외기에 먼지가 과도하게 쌓이면 에어컨 효율이 떨어지고, 자칫하다가 화재로 이어질 수도 있다. 실외기 커버를 벗긴 후 흡입구나 바람이 나오는 입구에 낀 먼지를 닦아내면 된다. 주방용 중성세제와 물을 약 1대 3 비율로 섞어서 뿌려준 후, 물걸레로 닦는다. 마른걸레로 습기를 제거해주면 된다. 필터와 마찬가지로 청소 후에는 잘 말려준다.