우선 싱싱한 꽃게를 고르려면 손으로 건드려 살아 있는지 확인해야 한다. 꽃게는 부패하기 쉽고 세균성 식중독을 일으킬 수 있으므로 구매 후 바로 조리하거나 냉장 보관해 먹는다. 꽃게를 들었을 때 가벼운 것보다는 몸이 단단하고 무게가 느껴지는 것이 살이 많다. 수게의 경우 꼬리가 삼각형으로 뾰족한 것, 암게는 꼬리의 끝만 뾰족하고 등 모양은 둥근 것이 맛있다. 배딱지가 가늘고 뾰족한 것이 수게이고 넓고 둥근 것이 암게이다. 봄철에는 암게, 가을에는 수게가 맛있다.
꽃게를 손질하는 방법은 다음과 같다. 꽃게는 흐르는 물에 솔이나 수세미를 사용해서 깨끗이 씻는다. 특히 등딱지와 배, 다리에는 모래와 이물질이 많으니 신경 써서 닦아야 한다. 배딱지를 들어 손으로 꺾어 떼어내고 틈을 벌려 등딱지도 떼어낸다. 몸통 위쪽에 붙은 입, 눈, 더듬이와 몸통 양옆에 붙어 있는 아가미, 모래주머니를 손으로 떼어낸다. 살이 없는 다리 끝 부분도 가위로 잘라낸다.
꽃게 된장찌개를 만들기 위해서는 손질한 꽃게를 4~6등분해서 준비한다. 냄비에 물, 고춧가루를 넣고 체에 된장를 풀어 끓인다. 무는 2cm 크기로 납작하게 썰고 대파와 청양고추는 송송 썬다. 두부는 2×4cm 크기로 납작하게 썰고, 애호박은 4등분하여 0.5cm 폭으로 썬다. 냄비의 물이 끓어오르면 무와 꽃게를 넣고 끓인다. 손질해둔 애호박, 두부, 청양고추, 다진 마늘을 넣고 더 끓여내면 완성이다.