부작용으로 가장 많이 나타나는 것은 가려움증, 붉은 반점, 감염 등이다. 영구문신(tattoo)은 바늘이나 주사침 혹은 기계를 사용해 피부 진피층에 카민(calmine), 인디고(indigo), 카드뮴 설파이드(cadmium sulfide) 등의 물에 녹지 않는 중금속 색소나 먹물, 물감, 연필가루, 연탄가루 등으로 그림, 글자, 상징물 등을 새겨 넣는다.
이 때 약품이 피부에 맞지 않거나, 피부 조직의 다른 곳에 침투했을 때, 문신 기구 등에 세균이 남아 있는 경우 피부가 붉고, 부어오르거나 색깔이 이상하게 변하는 부작용을 겪을 수 있다. 가끔씩 문신 바늘이 신경을 찌르는 경우가 있는데, 이때 복합성통증증후군(CRPS)가 생겨 온 몸이 굳고 괴사하는 심각한 상황으로까지 이어질 수 있다.