분당서울대병원 소화기내과 김나영 교수팀이 헬리코박터 파일로리균에 감염돼 있으면서 기능성 소화불량증이 있는 환자 91명을 대상으로 67명은 약 처방과 더불어 헬리코박터 제균 치료를 하고, 24명은 제균 치료를 하지 않은 채 1년 간 증상 개선 정도를 봤다. 그 결과, 증상이 50% 이상 좋아진 사람이 제균 그룹 82.1%, 비제균 그룹 62.5%로 나타났다. 제균그룹이 약 20%나 많았고, 특히 남성에서 호전 정도가 컸다.
김나영 교수는 "제균을 하면 위의 염증이 줄고 위산 분비가 정상화되기 때문에 증상이 좋아지는 것"이라며 "기능성 소화불량증 증상이 심하거나 재발이 잦은 사람은 제균 치료의 효과를 기대해볼 수 있다"고 말했다. 현재 일본에서는 소화불량 등의 증상이 없어도 헬리코박터 파일로리균이 발견되면 무조건 제균치료를 하라는 지침을 내리고 보험 적용까지 해주고 있다.
그러나 헬리코박터 파일로리균이 기능성 소화불량증을 유발하지는 않는다. 김나영 교수팀이 전국 7개 대학병원 건강검진 환자 3399명을 대상으로 조사한 결과, 기능성 소화불량증이 있는 사람(694명·20.4%)이 없는 사람에 비해 헬리코박터 파일로리균 감염률이 더 높지 않았다. 다만 위암 병력이 있고, 교육수준이 낮고, 소금을 많이 섭취하는 사람에게 기능성 소화불량증이 많았다.