이공계 학부생들이 의학전문대학원 준비에만 매달리는 등의 부작용이 컸기 때문이다. 강원대·제주대·가천의대·건국대·동국대는 의학전문대학원으로 남는다. '이공계 학부생을 의과학자로 양성한다'는 차별성을 강화하기 위해서이다. 또, 교육과학기술부는 의학전문대학원으로 남는 대학에게 교수 증원 등과 같은 행정·재정적 지원을 해준다.
위의 5개 학교를 제외하고, 이르면 2015학년도부터 대부분의 대학이 의과대학 체제로 전환한다. 지금 대학 1학년 학생들이 전문대학원에 입학하는 2014학년도까지는 현 체제가 유지된다.
또, 의과대학 체제로 전환하고 최소 4년 동안은 정원의 30%를 학사 편입으로 선발함으로써, 입시를 준비해 온 학생들에게 불이익이 없도록 했다.
의과대학 정원은 2013학년도부터 늘어나기 시작해 2017학년도에는 지금보다 2.3배 증가한다. 반면, 의학전문대학원 정원은 2011학년도에는 2000여 명에서 2017학년도에는 400여 명 수준으로 감소한다. 매년 총 졸업 인원은 동일하게 유지돼 의사 수급에는 큰 변화가 없다.
