안과전문병원은 다른 전문병원과 개념이 조금 다르다. 다른 과는 예컨데 '정형외과 중 인공관절수술'식으로 세분화되면서 전문병원이 성장해온 반면, 안과는 안과 각 세부 전공 전문의들이 '함께 모여'전문병원을 구성했다.
안과 의사들은 이런 시스템이 만들어진 이유를 2가지로 설명한다. 우선 대학병원에서 안과가 '마이너 진료과목'이라는 점이다. 안과 질환은 생명을 위협하지 않는다. 이 때문에 암 등 중증 질환에 집중하는 대학병원은 안과에 대한 연구 지원이나 시설 투자 등을 상대적으로 덜했고, 적극적인 투자와 충분한 진료 환경을 원하는 안과 의사들이 모여서 전문병원을 만들게 됐다는 것이다.
둘째는, 안과 개인 의원의 한계점이다. 각막염 등을 보는 동네 안과나, 라식 수술만 전문으로 하던 시력교정 안과는 각막 전문의만으로 충분히 운영할 수 있다. 하지만 시력을 위협하는 망막 질환이나 녹내장 등은 각막 전문의가 제대로 치료할 수 없다. 따라서 규모를 더 키우고 발전하려는 동네 안과나 시력교정 안과는 망막·녹내장 전문의와 손잡고 전문병원으로 나서야 한다.
1960년대 개인의원으로 개원해 의과대학까지 설립한 김안과병원이 안과전문병원의 시초격이다. 현재 새빛안과병원, 누네안과병원, 한길안과병원, 실로암안과병원, 성모안과병원, 제일안과병원, 아이윤안과, 이안과 등 총 9곳의 안과전문병원이 있다.
치과전문병원도 안과전문병원과 유사한 개념이다. 보철과, 교정과, 보존과 등 세부 진료분야를 전공한 치과의사들이 모여서 병원을 구성한다. 임플란트나 치아교정의 경우 대학병원과 달리 특진비 등이 없기 때문에 수준 높은 진료를 상대적으로 저렴하게 받을 수 있다. 또 전문병원마다 주 진료 타깃층이 다르기 때문에 환자가 나이나 경제적 형편 등에 따라 더 적절한 병원을 고를 수도 있다. 에스플란트치과병원, 미르치과병원, 예치과병원, 에이플러스치과병원, 가야치과병원 등이 대표적인 치과병원이다. 안과나 치과 모두 의원급 중에서도 전문적인 진료를 하는 곳이 많다.