전문병원은 진료의 질과 양이 동시에 수직 상승하고 있지만, 아직 한계도 분명하다.
우선, 암·심뇌혈관질환 등 생명을 좌우하는 중증질환을 전문병원이 감당하기에 아직 벅차다. 환자가 완치될 때까지 내과 계열과 외과 계열의 여러 진료과목이 동시에 개입해야 하기 때문이다. 또, 전문병원은 대학병원보다 '비즈니스'를 훨씬 많이 고려해야 한다. 차병원이나 김안과병원 등 앞 세대 전문병원이 종합병원으로 승격해서 모든 질병을 다루는 '진료과목의 확대'를 이루었다면, 요즘의 전문병원들은 주 전공에 주력하되 여러 곳에 분원을 내면서 '진료지역의 확대' 전략을 펴고 있다. 이런 전략에는 시설 투자와 마케팅 비용이 많이 들어간다. 따라서 일부 전문병원은 환자 상태에 맞는 치료를 하기 보다 '상업적 목적'에서 일단 수술부터 하도록 권유하기도 한다.
의료진의 연구활동에도 제약이 있다. 매주 오전·오후로 나눠 3~4회 정도 진료하는 대학병원 교수와 달리, 전문병원 의사는 1주일 내내 외래진료를 보거나 수술을 하기 때문에 연구하거나 논문을 쓸 틈을 내기 어렵다.