비타민 류를 제외한 다른 영양제(기능식품 포함)는 동시에 복용해도 큰 문제가 없다. 예를 들어 오메가3지방산, 클로렐라, 글루코사민, 달맞이꽃유, 유산균 등의 건강기능식품은 성분도 다르고, 몸에 흡수돼 각자 다른 부위에서 전혀 다른 작용을 하기 때문이다.
그러나 비타민이나 무기질 등의 영양성분은 서로 상호작용을 해서 역효과를 내기도 하고 반대로 시너지 효과를 내기도 한다.
칼슘 제제와 철분 제제는 같이 먹었을 때 역효과를 내는 대표적인 영양성분이다. 따라서 칼슘이나 철분 성분이 모자라 모두 복용해야 한다면 한 달씩 번갈아 가며 섭취하는 것이 좋다. 단백질 보충용으로 사용되는 클로렐라, 스피루리나(녹색플랑크톤 식물), 아미노산 제제 등과 칼슘 제제도 같이 복용하지 않는 것이 좋다. 단백질이 칼슘의 흡수를 방해하기 때문이다.
이론적으로 비타민E와 비타민K, 철과 비타민C, 철과 아연 등도 서로 상충 작용을 일으키기 쉬우나 현실적으로 상충작용을 일으킬 만큼 많이 먹는 경우가 거의 없으므로 크게 걱정하지 않아도 된다. 오메가3지방산이나 글루코사민 등의 건강기능식품에도 비타민E·C 등이 포함돼 있으나 매우 적은 양이어서 부작용이 생길 가능성은 적다.
그러나 고용량 비타민 제제를 2~3개씩 복용하는 경우에는 문제가 될 수 있다. 특히 요즘 유행하는 비타민A·E·C, 셀레늄 등 항산화제만 따로 모은 영양제를 복용할 때는 주의해야 한다. 종합 비타민과 항산화제 제품을 같이 복용할 경우 비타민A가 과용될 수 있기 때문. 비타민A는 다른 영양소에 비해 일일 최대 허용량이 적으며, 이를 초과하면 피부건조, 졸도, 간 독성 등이 나타날 수 있다. 또 종합 비타민제를 복용하면서 1000~2000㎎의 고용량의 비타민C를 복용하는 사람이 많은데, 식약청 고시 기준 하루 최대 허용치인 2000㎎을 넘기면 사람에 따라 설사, 속 쓰림 등이 생길 수 있으므로 주의해야 한다.
한편 함께 먹으면 시너지 효과를 내는 영양소들도 있다. 철분이나 비타민E의 흡수율을 높이려면 비타민C를 같이 복용하는 것이 좋다. 또 칼슘의 흡수율을 높이려면 인과 비타민D를 함께 섭취하면 된다. 오메가3지방산은 기름에 잘 녹는 비타민E와 함께 섭취하면 흡수율이 높아진다. 따라서 오메가3지방산 제품을 고를 때에는 비타민E가 포함돼 있는 제품을 고르거나 비타민E를 따로 복용하는 것이 좋다.